国立西北联合大学在其存在期间，全校共设 6个学院。具体学院设置如下：

文理学院

法商学院

医学院

师范学院

工学院

农学院

这些学院涵盖了当时的多个学科领域，为抗日战争时期的高等教育做出了贡献。