截至2022年，西南医科大学共批准设立 6个校级及以上科研机构 ，具体情况如下：

代谢性疾病研究所

脑科学研究所

核医学研究所

中西医结合研究所

口腔医学研究所

国家健康医疗大数据研究院西南医科大学协作中心

此外，学校还拥有90个科研平台，其中省部级及以上科研平台46个，涵盖国家工程研究中心、重点实验室、博士后工作站等。