监理工程师合同不合格的情形主要包括以下几个方面：

合同条款不规范

监理工程师合同涉及的内容繁杂，具体操作过程中双方对条款的理解和落实存在差异。

合同条款不够明确，容易给工程建设带来质量和安全问题。

合同管理的形式化

监理工程师过于形式化，局限在合同条款范畴内，缺乏主动性和责任心。

导致对工程建设掌握不够全面和细致，易出现工程质量问题。

合同追踪不到位

监理工程师对合同流程和内容的追踪不够到位，发现问题、解决问题的能力不足。

导致工程建设质量参差不齐。

未能依照合同及监理规范要求执行相关工作内容

不能够按照监理合同及监理规范的要求执行工程变更、工程延期、费用索赔、分包转让、争端仲裁和确认承包人违约等有关合同管理的工作内容。

资料管理不合格

监理安全不符合监理合同的要求，监理工程师不能依照有关法律、法规对工程安全实施监理并承担监理责任。

对中型项目和危险性较大的分部分项工程，未编制安全监理方法和控制要点，未能监督施工企业按照施工组织设计中的安全技术措施和安全专项施工方案组织施工，未及时制止违规施工作业。

工程投资控制不合格

不能够认真准确地完成监理合同规定的施工过程的工程计量、工程支付的工作内容，计量和支付的误差率大于5%。

直接判定为不合格的情形

转包、违法分包工程的。

拒不参加或以各种理由拖延参加发包人通知的抢险救灾及应急工作。

综上所述，监理工程师合同不合格主要涉及合同条款的规范性、合同管理的形式化、合同追踪的不到位、未能依照合同及监理规范要求执行相关工作内容、资料管理不合格、工程投资控制不合格以及直接判定为不合格的情形。