监理工程师可以注册的专业主要有以下几种：

土木建筑工程：

涵盖建筑结构、施工工艺、材料选用等内容，适合对建筑施工过程有较深了解的考生选择。

交通运输工程：

主要涉及道路、桥梁、隧道等交通基础设施的监理工作，适合对交通工程有兴趣的考生选择。

水利工程：

涉及水利工程设计、施工监理等内容，适合对水利工程领域有研究需求的考生选择。

关于注册两个专业的具体规定如下：

可以注册两个专业：

监理工程师最多可以申请注册两个专业，并且这两个专业必须注册在同一家单位。

专业选择：

考生在报考时需要选择其中一个专业类别报考，取得资格证书后，可以根据需要报考其余专业科目增项，增项个数没有限制。

变更专业：

在注册后可申请变更专业，但“机电及金属结构设备制造监理”专业与其他专业不得同时注册。

综上所述，监理工程师可以选择注册的专业包括土木建筑工程、交通运输工程和水利工程，并且最多可以同时注册两个专业，且这两个专业必须为同一家单位。