工程水运专业主要学习的课程包括：

水利工程制图

水力学

结构力学

钢筋混凝土结构

工程测量

水工建筑物

现代灌排工程技术

城镇供排水工程技术

农村饮水安全技术

高等数学

大学英语

计算机编程

工程制图（CAD）

大学物理

理论力学

工程材料

材料力学

测量学

工程水利学

水资源规划及利用

运筹学

管理学

交通运输组织学

营销学

财务管理

运输经济学

交通运输设备

交通运输技术管理

汽车构造

汽车设计

31. 汽车理论

32. 热工与发动机原理

33. 液压与气压传动

34. 机械设计

35. 汽车制造工艺学

36. 检验检测机构资质认定管理

37. 公路水运工程质量检验评定相关标准基础知识

38. 仪器设备计量溯源及期间检查

39. 航海管理

40. 港口管理

41. 船舶

42. 海事业务

43. 现代港口

44. 航运

45. 货代业务处理

46. 企业信息化应用

47. 英语交流与阅读能力

48. 船舶与船员管理

49. 船舶保险理赔

50. 货代海运操作

51. 航运市场营销

52. 铁路工程

53. 道路工程

54. 内河运输工程

55. 机场工程

56. 港口工程

57. 航道工程

58. 水运交通信息工程及控制

59. 船舶运用工程

60. 水运规划与管理

61. 智能化

62. 电子技术

63. 现代信号处理及现代控制理论

64. 现代试验及检测技术

65. 规划理论与现代化管理

66. 工程图学

67. 理论力学

这些课程涵盖了交通运输专业的多个方面，包括交通规划、交通工程、交通设施、交通管理、交通运营等。