根据搜索结果，清华大学、上海体育大学、河南中医药大学等高校设有以书院命名的专业，具体如下：

一、清华大学

致理书院

承担数学与应用数学、物理学、化学、生物科学、信息与计算科学等专业的人才培养，依托清华理学学科资源，落实国家“强基计划”。

新雅书院

通识教育改革试点，不特定专业，但涵盖历史学、哲学、汉语言文学、古文字学等方向，促进跨学科交流与创新思维培养。

未央书院、探微书院、行健书院

具体专业未明确提及，但属于特色型书院，可能围绕医学、工程、人文等领域展开创新人才培养。

二、上海体育大学

龙云书院

专注武术硕士学位点，培养德术双馨的医学人才，属于特色型书院。

三、河南中医药大学

本草书院

跨学科综合性书院，涵盖中药学、药学、中医学、针灸推拿学等20余个专业方向，强调理论与实践结合。

其他说明

清华大学其他书院（如精密仪器系、材料科学与工程学院等）可能设有交叉学科方向，但未明确标注为“书院”。

书院制高校通常将书院与专业院系结合，如清华的五大强基书院对应数学、物理等专业。

以上信息综合了多所高校书院的专业设置及教育理念，供参考。