具体含义不同：

in表示“在某范围内”。说鸟、人等“隐于树叶之”中，应用 in the tree。

on的意思是“附着在某物之上”（表示接触），如果说苹果，香蕉“长在树上”，则用 on the tree。

相关介绍

The boys carved their names in the tree.

男孩子们把名字刻在树上。

Most of the apples on the tree have ripened.

树上的苹果大多已经成熟。