成本分摊协议管理是指税务机关按照所得税法第四十一条第二款的规定，对企业与其关联方签署的成本分摊协议是否符合独立交易原则进行审核评估和调查调整等工作的总称。

企业与其关联方签署成本分摊协议，共同开发、受让无形资产，或者共同提供、接受劳务发生的成本，应当按照独立交易原则与其关联方分摊共同发生的成本，达成成本分摊协议。

成本分摊协议的参与方对开发、受让的无形资产或参与的劳务活动享有受益权，并承担相应的活动成本。关联方承担的成本应与非关联方在可比条件下为获得上述受益权而支付的成本相一致。

参与方使用成本分摊协议所开发或受让的无形资产不需另支付特许权使用费。

涉及劳务的成本分摊协议一般适用于集团采购和集团营销策划。

企业与其关联方签署成本分摊协议，有下列情形之一的，其自行分摊的成本不得税前扣除：

不具有合理商业目的和经济实质;

不符合独立交易原则;

没有遵循成本与收益配比原则;

未按有关规定备案或准备、保存和提供有关成本分摊协议的同期资料;

自签署成本分摊协议之日起经营期限少于20年。