总承包商代扣代付税费的做账方式包括：开具工程发票，确认主营业务收入；计提工程税金，记入税金及附加；计提印花税，列入管理费用。这些操作均涉及会计分录的借贷记录，确保财务处理的准确性和规范性。

总承包商代扣代付税费做账流程

开具工程发票环节

当总承包商为分包单位代扣代缴税费时，首先需开具工程发票。在这一环节，会计分录如下：

借：银行存款/应收账款

贷：主营业务收入

此步骤表示收到工程款项并存入银行或形成应收账款，同时确认主营业务收入。

计提工程税金环节

随后，需要计提工程税金。会计分录如下：

借：税金及附加

贷：应交税费—应交城建税等

此步骤表示将应缴纳的税金记入税金及附加科目，并反映在应交税费中。

计提印花税环节

最后，计提印花税。会计分录如下：

借：管理费用—印花税

贷：应交税费—应交印花税

在此步骤中，印花税被记录在管理费用中，并反映在应交的印花税里。

通过上述三个环节，总承包商完成了代扣代付税费的账务处理。确保了财务记录的准确性，并遵循了相关的会计原则。