员工办理健康证的费用应当计入 应付职工薪酬——职工福利这个会计科目。具体的会计分录如下：

借：应付职工薪酬——职工福利

贷：银行存款

企业为员工支付健康证的费用时，应通过“应付职工薪酬”科目进行核算，该科目的贷方登记已分配计入有关成本费用项目的职工薪酬数额，借方登记实际发放职工薪酬的数额，包括扣还的款项等。期末贷方余额反映企业应付未付的职工薪酬。