在合并报表中，母公司对子公司的长期投资与子公司在母公司眼中的权益部分实际上是同一事物的两个不同表达。从集团整体的角度看，这部分投资是对集团内部资源的调动，而非外部投资。因此，在合并过程中需要抵消这部分，以避免重复计算集团的总资产。

具体原因包括：

避免重复计算：

母公司的长期投资在母公司的账上体现为资产增加，而子公司在合并后其所有者权益也相应增加。如果这两部分不抵消，就会在合并报表中重复计算，导致总资产虚增。

反映真实财务状况：

子公司的净资产属于母公司资产的一部分，因此母公司的所有者权益中已经包含了子公司的所有者权益。如果不抵消，这部分所有者权益会被重复计算，从而影响合并报表的真实性。

遵循会计准则：

按照相关会计准则，如企业会计准则，对内部交易进行合理调整，以符合合并报表的编制要求。这有助于确保合并报表提供真实、公允的财务信息。

简化合并过程：

合并报表的简单程序是先汇总，然后抵消掉重复因素。子公司的所有者权益和母公司的长期股权投资重复，当然要抵消。这样可以简化合并过程，使报表更加清晰易懂。

综上所述，合并报表中抵消长期投资的主要目的是为了避免重复计算和错误反映集团的财务状况，确保合并报表的准确性和可靠性。