会计代理费通常应计入 管理费用科目。具体会计分录如下：

1. 发生代理费时：

借：管理费用——代理费

贷：银行存款或库存现金

2. 支付代理费时：

借：应付账款——公司名称

贷：银行存款

3. 期末结转利润时：

借：本年利润

贷：管理费用——代理服务费

因此，会计代理费应计入“管理费用”科目，并根据具体情况进行明细核算。如果涉及进项税额，还应处理相应的进项税额抵扣。