垃圾清运费需要交纳的税种包括 印花税、增值税等。具体来说：

印花税 ：根据我国相关的税收法律法规，垃圾清运服务所涉及到的运输、清理、分类、处理等服务都是应该缴纳印花税的。印花税是针对一些涉及经济交易的文书和行为征收的税种，其征收标准一般是税率乘以相应的交易金额或者品种数量等。

增值税

小规模纳税人：

增值税税率为3%。

一般纳税人：增值税税率为9%。

此外，还可能涉及以下税种：

城建税：根据缴纳的增值税、营业税、消费税的总额，按比例缴纳，税率根据纳税人所在地的不同而有所差异，分别为7%、5%或1%。

教育费附加：按缴纳的增值税、营业税、消费税的总额的3%缴纳。

地方教育费附加：按缴纳的增值税、营业税、消费税的总额的2%缴纳。

水利基金：按缴纳的增值税、营业税、消费税的总额的1%缴纳。

个人所得税或企业所得税：根据企业的具体情况，可能需要缴纳个人所得税或企业所得税。

综上所述，垃圾清运费在交纳时，需要考虑印花税、增值税及其附加税，以及可能的企业所得税和个人所得税。具体的税率和应纳税额应根据企业的纳税人身份、服务性质及所在地的具体规定来确定。建议在实际操作中咨询专业的税务顾问或当地税务部门，以确保合规并优化税务成本。