机械制造企业主要需要缴纳的税种包括：

增值税

一般纳税人：增值税税率为13%。

小规模纳税人：增值税征收率为3%。

企业所得税

税率为25%。

企业所得税的征收方式包括查账征收和核定征收，具体方式由税务机关根据企业实际情况确定。

城建税

城建税通常为增值税额的7%。

具体税率可能因地区不同而有所调整，例如市区的城建税税率为7%，其他区域可能为5%或1%。

教育附加费

教育附加费为增值税额的3%。

地方教育附加费通常为增值税额的2%。

印花税

印花税根据合同金额的不同而有所差异，一般为合同金额的0.03%。

其他税种

可能还需要缴纳车船税等零星税种。

建议

一般纳税人：如果您的企业是一般纳税人，建议充分利用进项增值税专票进行抵扣，以降低税负。

小规模纳税人：如果您的企业是小规模纳税人，可以关注是否有疫情期间的减免政策可以利用。

合理规划：企业应合理规划税务，确保各项附加费用的计算和抵扣符合税法规定，以减少税务负担。

请根据最新的税法规定和企业的实际情况，咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保合规操作。