税收申报过低的原因可能包括以下几点：

增值税税制不够完善

增值税征税范围狭窄，未涵盖所有与货物流通密切相关的行业，如交通运输、建筑等，导致增值税链条脱节。

对小规模纳税人统一按较低税率征收增值税，造成其税负明显高于一般纳税人，进而导致小规模纳税人瞒报收入，少报或虚报增值税。

发票管理存在漏洞

普通发票进入增值税抵扣链条，管理偏松，导致无票经营大量存在，增加了增值税征管的难度。

存在不开票经营行为，如以销货单代替销货发票，买卖双方减少发票开具等，进一步加大了税收征管的难度。

纳税人经营策略

纳税人采用以量换利润的经营方法，通过减少销售数量来降低税负。

纳税人因购进大型设备、季节性促销或囤货政策等原因，在特定时间段内税负率较低。

申报不及时或漏报

企业因销售行为申报收入不及时，或有漏报行为，导致税负率偏低。

企业未能及时调整和补报不应抵扣的进项税额，影响税收申报的真实性。

出口退税申报率偏低

部分企业对国家退税机制改革理解不到位，未建立高效的退税单证收集制度，影响退税进度。

海关内部数据传输不及时、报关单回收速度慢、核销单回收时间长、增值税专用发票回收慢等因素，导致企业无法及时进行退税申报。

综上所述，税收申报过低的原因是多方面的，涉及税制不完善、发票管理漏洞、纳税人经营策略、申报不及时或漏报以及出口退税机制等多个环节。建议税务部门加强税收征管，完善相关制度，提高企业申报质量，确保税收政策的顺利实施。