采用核定扣除法的原因主要有以下几点：

调整和完善农产品增值税抵扣机制

通过核定扣除办法，可以更准确地核算进项税额，避免传统内扣方法中因含税价格直接抵扣而导致的税收流失和抵扣不准确问题。

加强管理

核定扣除法有助于加强对农产品增值税进项税额的管理，防止虚开农产品收购发票等违规行为，确保税收政策的有效实施。

解决入账成本费用无发票问题

在核定征收情况下，即使没有取得发票或其他合法有效扣除凭证，也可以进行税款核定，从而解决了企业因缺乏凭证而无法抵扣的问题。

减少补缴税款

核定扣除法通常基于行业税负率，可能导致实际税负低于查账征收，从而减少纳税人的税款负担，有时甚至可能出现退税情况。

避免错误把握政策

某些地方错误地认为核定征收下不能定性偷税，因此罚款得以免除，这体现了核定扣除法在政策执行上的优势。

鼓励规范财务核算

通过改变原来的凭票定率扣除方式，核定扣除法鼓励企业规范财务核算，促进相关行业的健康发展。

扶持农业发展

农产品增值税进项税额核定扣除政策有助于扶持农业发展，保持初级农产品免征增值税政策的稳定性，同时解决虚开农产品收购发票的问题。

综上所述，核定扣除法通过调整抵扣机制、加强管理、解决入账凭证问题、减少税款负担、避免政策误读、鼓励规范财务核算以及扶持农业发展等多方面原因，成为当前农产品增值税进项税额抵扣的优选方法。