扣除率为12%的原因主要与 农产品深加工企业产成品适用税率的调整有关。具体来说，根据2019年4月的税率调整，农产品深加工企业产成品的适用税率由17%下调至16%。为了保持税收政策的连贯性和公平性，并考虑到税收风险的控制，相关部门决定将扣除率也同步下调一个点，确定为12%。

这样的调整意味着，在计算进项税额时，农产品深加工企业可以按照买价和12%的扣除率进行计算，这有助于减轻企业的税收负担，并促进增值税制度的规范化。

总结：

扣除率定为12%主要是为了配合农产品深加工企业产成品适用税率由17%下调至16%的政策调整，保持税收政策的连贯性和公平性，同时控制税收风险。