存货减少导致费用增加的原因主要与以下几个方面有关：

存货盘亏

实际库存少于账面库存：当企业实际库存数量少于账面库存数量时，会发生存货盘亏。这意味着公司需要重新计算成本，因为实际成本往往比账面成本高。因此，成本费用会增加，从而导致净利润减少。

销售成本结转

存货减少与销售相关：当企业实现销售时，存货会从企业账面消失，相关的材料、人工和其他相关间接费用会以主营业务成本的形式反映。这意味着，存货减少实际上是因为这些费用已经结转为销售成本，从而增加了费用。

间接费用分配

存货减少与间接费用分配：存货在减少过程中，相关的间接费用（如制造费用、人工费用等）需要重新分配。如果存货减少是由于销售或其他原因导致的，这些间接费用最终会反映在利润表中的费用项目上，从而导致费用增加。

综上所述，存货减少导致费用增加的原因主要是由于存货盘亏导致的成本重新计算、销售成本结转以及间接费用的重新分配。这些因素共同作用，使得企业在存货减少的过程中，费用反而增加。