退税率的不同主要基于以下几个原因：

征税对象与用途差异

部分商品虽然HS编码相同，但由于商品实质不同（如材质、用途、规格等差异），可能涉及不同的退税率。例如，海关编码3808911290，零售包装的其他生物杀虫剂，对应退税率有两个，分别为9%和13%。

政策导向与行业差异

不同地区、不同行业不同的退税率，可以体现国家相关行业、地区正常的引导作用。例如，高污染、高耗能、资源型、增值幅度低的商品退税率较低。

财政承受力

出口退税率小于等于征税率的原因一个是财政承受力的问题。如果出口退税率大于征税率，那就是征的少、退的多，国家财政无法承受。

国际贸易规则

按照WTO的规则，出口退税最大力度不能超过“零税率”，即出口退税率不能大于征税率，否则将被视为对出口产品的政府补贴，受到制裁。

税收结构优化

近几年增值税税率不断下调，从17%到16%，再到13%，主要原因是调整和优化税收结构的需求、简化税率是增值税立法的需求、我国社会治理不断完善的结果以及降低增值税税率是国家战略的组成部分。

无发票支出与进项税差异

从增值税征收角度，加工外销产品成本涉及的进项可能会有多个税率，例如相同的原材料从一般纳税人和小规模纳税人采购的税率有差异，或者由于各种原因没有发票，致使国家其实并没有收到跟征收税率相同的增值税。如果退税率为13%，等于是需要国家财政予以补贴。

综上所述，退税率的不同是根据商品特性、政策导向、财政状况及国际贸易规则等多方面因素综合确定的。企业在申请出口退税前，应查询最新的退税率信息，确保申报的退税率与国家规定相符。