运费税率之所以为3%，主要原因如下：

税收减免政策：

根据相关税收法规，运输行业可以享受税收减免政策。例如，货物运输类企业、服务类企业及国际运输的企业，在一定的条件下可以享受减税和税率减免政策，从而将税率从9%降低至3%。

小规模纳税人：

小规模纳税人的增值税征收率为3%。如果提供发票方是小规模纳税人，根据增值税暂行条例和实施细则，其开具的增值税专用发票或普通发票上注明的增值税额也是3%。

简易征收方式：

营改增后，运输企业如果年营业额在500万元以下，可以选择按照简易征收方式，即按照3%的征收率计算应交增值税。

地区政策差异：

需要注意的是，税收政策在不同地区可能会有所不同，因此具体的税率可能会根据当地的具体政策有所调整。

综上所述，运费税率之所以为3%，主要是因为运输行业享受了税收减免政策，并且小规模纳税人按照简易征收方式缴纳增值税。如果需要更详细的信息，建议咨询当地的税务部门或查阅相关税收政策文件。