机票差额征税主要是 为了平衡税收负担和避免重复征税。具体原因如下：

避免重复征税：

某些业务（如金融商品转让、经纪代理服务、融资租赁和融资性售后回租业务等）无法通过抵扣机制避免重复征税，因此采用差额征税方式计算交纳增值税。

补偿成本：

机票代理在购买机票时需要支付一定的税款，这部分税款通过向旅客收取差额税款来补偿。这样，旅客支付的总金额中包含了机票代理所交的税款，避免了机票代理在购买票时重复支付税款。

税收灵活性：

在某些情况下，税负率可以有所调整，甚至超出实际的税负率来缴纳更多的税款。这种灵活性使得税收制度更加公平和合理。

业务选择：

一些企业（如携程）可能会选择全额交增值税，以便让销项大于进项，从而不用留抵退税。这种情况下，差额征税可以作为一种选择，让企业根据自身业务需求选择合适的计税方式。

总之，机票差额征税是一种合理的税收方式，旨在平衡税收负担、避免重复征税，并提高税收制度的灵活性和公平性。