免税项目不能抵扣进项税额的原因主要包括以下几点：

免税项目不产生销项税额：

增值税是对商品和服务在流转过程中的增值额征税，免税项目本身不产生应税增值额，因此没有销项税额来抵扣进项税额。

增值税链条完整性：

增值税的链条完整性要求，在商品或劳务流转过程中，上游环节形成的进项税额应当在下游环节通过销项税额来抵扣。免税环节意味着交易环节终止，没有销项税额，所以上游环节形成的进项税额不能用于抵扣。

税收公平性考量：

如果允许免税项目的进项税额抵扣，可能会破坏税收公平性，因为这将导致从事免税项目的企业实际税负低于应税项目的企业，影响税收征管秩序和市场公平竞争环境。

法规规定：

根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）等相关法规，用于免征增值税项目的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产的进项税额不得从销项税额中抵扣。

抵扣凭证问题：

通常，销售免税货物不允许开具增值税发票，只能开具普通发票，购买方因此无法获得抵扣进项税额的凭证。

综上所述，免税项目不能抵扣进项税额是基于税收原理、增值税链条完整性、公平性考虑以及相关法规规定