应纳税额要减去的原因可能包括以下几点：

税收优惠政策：

某些税收优惠政策允许在计算应纳税所得额时减去一定的金额。例如，技术转让所得在不超过500万元的部分免征企业所得税，而超过500万元的部分减半征收。这意味着在计算应纳税额时，需要将技术转让所得单独计算，然后将其适用15%税率的部分与其他部分相加，得出总的企业所得税税额。

税前扣除：

在计算应纳税所得额时，可能会有一些特定的扣除项，如某些地方政府为鼓励企业发展而提供的税前扣除优惠，或者会计处理上的需要，如预提税金等。这些扣除项需要从总收入中减去，以确保只有超出这些扣除项的部分才被征税。

起征点或免税额：

在个人所得税计算中，通常会设定一个起征点或免税额。只有超出这个免税额的部分才需要征税。例如，如果免税额为5000元，那么在计算应纳税所得额时，需要从总收入中减去这5000元。

进项税额抵扣：

在增值税计算中，一般纳税人采用差额交税的方式，即销项税额减去进项税额。这是因为上一流通环节已经缴纳了部分税款，所以在当前环节需要将这部分税款减去，以避免重复纳税。进项税额的抵扣通常需要取得相应的进项税发票。

税前利润调整：

在计算应纳税所得额时，可能需要进行一些税前利润的调整。例如，国债利息收入属于免税收入，需要从利润总额中扣减；而行政罚款属于不可抵税费用，需要当期调增纳税。此外，递延所得税负债的增加也会影响当期的应纳税额。

综上所述，应纳税额要减去的原因主要是为了贯彻国家的税收优惠政策、实现税前扣除、考虑起征点或免税额、进行进项税额抵扣以及进行税前利润调整。这些减项有助于确保税收的公平性和合理性，同时鼓励企业和个人进行合法合规的财务操作。