增值税不能扣除的原因主要在于其性质和税收原理：

增值税是价外税：

增值税是在商品或服务的生产、流通环节多次征收的，税额最终由消费者承担。由于增值税是价外税，它并不计入企业的成本或费用，因此不能在计算企业所得税时进行税前扣除。

避免重复扣除的风险：

如果允许增值税进行税前扣除，可能会出现在同一笔交易中出现重复扣除的情况。因为在商品流通环节，每一环节都征收增值税，如果允许税前扣除，会造成税制的混乱和税款的流失。为了避免这种情况发生，税法明确规定增值税不进行税前扣除。

增值税与所得税的独立性：

增值税是对商品在流通过程中的增值部分计征的，而所得税是对企业的经营所得计征的。增值税的征收并不涉及企业利润，因此其本身与企业所得税无关，自然也就不可以在企业所得税前扣除。

增值税的抵扣机制：

增值税的抵扣是基于进项税和销项税的差额进行的，只有当企业产生的进项税大于销项税时，多余的进项税才能用于抵扣。这种抵扣机制进一步说明了增值税不应作为企业所得税的扣除项目。

综上所述，增值税不能扣除的原因在于其作为价外税的性质，不影响企业的盈亏和利润，并且为了避免重复扣除的风险以及保持税制的稳定运行，税法明确规定增值税不进行税前扣除。