企业放弃零税率的原因主要有以下几点：

实际困难，无法达成退税条件：

有些企业可能因为单证无法按期收齐或其他原因，按照严格的退税流程成本效益不高，因此选择放弃退税而选择免税。

免税比退税更划算：

在某些情况下，免税可能比退税更加经济。例如，企业适用零税率时，如果货物税率为13%，退税率仅为6%，那么不得免抵的进项税为7%。如果企业增值率较大，不得免抵转出的税额可能会大于退税额，导致企业不仅拿不到退税，还要缴税。对于一些国家不鼓励出口的商品，如大理石和矿石等，退税率较低，进项税额少，表面上看增值率高，退税远不如免税划算。

进项税额太少：

有些企业，如运输行业，进项税额非常少，可能几乎没有可以抵扣的进项税。在这种情况下，免抵退税操作起来非常复杂，而免税虽然不能退税，但程序简单方便得多。

纳税成本问题：

免抵退税操作复杂，涉及多方面的计算和审批，而免税虽然不能退税，但程序简单，纳税成本较低。企业权衡利弊后，可能会选择放弃零税率，以降低纳税成本和操作复杂度。

企业管理需要：

企业决策时也会考虑到管理的便利性和效率。选择免税可以简化流程，便于企业内部管理和财务操作。

综上所述，企业放弃零税率主要是基于实际操作的困难、经济利益的考量、纳税成本的降低以及企业管理需要等多方面的因素。