印花税设置减免额的原因主要在于以下几点：

减轻企业负担：

通过减免部分金融证券的印花税，政府可以降低企业融资和债务成本，从而激励企业进行更多的融资活动，缓解企业融资和债务压力。

推动金融市场稳定发展：

印花税减免有助于抑制金融市场的投机性活动，减缓金融创新进程，从而保障金融市场的稳定。

促进经济增长：

印花税减免政策能够提升企业融资和债务水平，增强金融创新潜力，完善金融市场体系，促进金融服务品质，进而推动国民经济的稳健增长。

避免重复征税：

对于应税凭证的副本或抄本免税，避免了对同一交易行为进行重复征税。

支持特定主体和领域：

例如，对农民、农民专业合作社、农村集体经济组织、村民委员会购买农业生产资料或销售自产农产品的买卖合同和农业保险合同免税，支持农业发展。

支持公共事业和国防建设：

对财产所有权人将财产赠与政府、学校、社会福利机构订立的产权转移书据免税，以及对军队、武警部队订立、领受的应税凭证免税，体现了对公共事业和国防建设的支持。

减轻个人住房负担：

对转让、租赁住房订立的应税凭证免征个人应当缴纳的印花税，有助于减轻个人住房负担。

激发市场活力：

印花税减免主要针对金融机构和中小微企业，旨在激发市场活力，促进经济发展。

降低投资者成本：

调降证券交易印花税税率有利于降低市场交易成本，减轻投资者负担，提振投资者信心，活跃资本市场。

特定情形下的免税：

例如，对于已缴纳印花税的凭证的副本和财产赠与国家、福利机构和学校的书据也可以不用缴纳印花税，这是法定的其他免缴印花税的情形。

综上所述，印花税设置减免额是为了通过减轻税收负担来激励经济活动，支持特定行业和领域的发展，同时避免重复征税，最终促进经济的稳定增长。