免抵税额需要缴纳城建税的原因主要基于以下几点：

体现受益原则：

城市维护建设税（简称“城建税”）和教育费附加是以纳税人实际缴纳的增值税、消费税税额为计税依据征收的附加税费。企业在生产经营过程中享受了当地城市基础设施建设、教育等公共服务带来的便利，这些公共服务为企业的运营创造了良好环境，有利于企业实现销售等经营活动从而产生免抵税额。因此，按照受益程度相应缴纳城建税和教育费附加，以保障地方财政有资金用于持续提供和完善这些公共服务。

税负公平角度：

在出口退税业务中有免抵退税的计算方法。免抵税额是指内销的应纳税额因为出口退税的原因，没有向税务机关缴纳的税款，但是同时企业也少取得了出口退税的税款，也就是税务机关用出口应退给纳税人的税款抵免了这部分的应纳税额。相当于纳税人实际上还是缴纳了的，并不是税收的优惠政策，不能免除本来应该缴纳的增值税附带缴纳城建税的纳税义务。因此，这个“免抵税额”应该计入到城建税的计税依据当中。

税收原理角度：

免抵税额是出口退税部分抵了内销部分的增值税，是因为一个是应退、一个是应交，所以抵掉了，但是退税部分对应的城建税不予退还，那么内销部分的增值税应交的城建税就无法抵掉了，所以免抵部分税额需要缴纳城建税。

财政收入角度：

城建税采取当期免抵税额作为基础，可以根据调节税率增加城市财政收入，充分支持政府公共政策实施，同时为城市发展提供政策支持，有助于实现可持续发展。当期免抵税额作为城建税基数，是因为其能有效的帮助城市财政收入的增加，从而为政府实施公共政策提供资金保障。

综上所述，免抵税额需要缴纳城建税，是因为这部分税额虽然因出口退税而减少，但企业并未完全享受退税优惠，实际上仍承担了内销部分的增值税纳税义务，且按照受益原则和税收原理，应计入城建税的计税依据中。