工程发票的税率根据具体情况而定，主要包括以下几种情形：

增值税普通发票

一般纳税人企业选择简易计税方法和小规模纳税人，增值税税率为3%。

一般纳税人企业选择一般计税方法，增值税税率为11%。

营业税

工程款需要缴纳营业税，税率为3%。

城建税

城建税的税率根据纳税人所在地的不同而有所差异，市区为7%，县城和镇为5%，其他地区为1%。

教育费附加

教育费附加的税率为3%，根据营业税计算缴纳。

印花税

印花税为工程款的万分之三。

其他附加费用

有些地区还会收取防洪基金，金额与印花税相近，具体税率由各地地方税务局制定，一般不超过万分之五。

综上所述，工程发票的税率主要取决于企业类型（一般纳税人或小规模纳税人）、选择计税方法（简易计税或一般计税）以及具体的服务类型（如建筑服务、销售不动产等）。建议在实际操作中，根据最新的税务法规和企业实际情况确定具体的税率。