工程质保金的扣除比例主要依据法律规定和合同约定。以下是相关法律规定及扣除比例：

法律规定

根据《建设工程质量保证金管理办法》，工程质保金一般不超过工程总造价的3%。

如果合同双方当事人另有约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则可以按照约定执行。

合同约定

质保金的扣除比例也可以由工程合同的双方当事人共同约定，但不得低于法律规定的最低比例，即3%。

实际操作

质保金的扣留方式主要有逐次扣留和一次性扣留两种。逐次扣留是在支付工程进度款时按比例逐次扣留，而一次性扣留是在工程竣工结算时一次性扣留质量保证金。

建议

明确约定：在签订工程合同时，应明确约定质保金的扣除比例和方式，以避免后续纠纷。

遵守法律：无论采用何种扣留方式，都应确保质保金的比例不超过法律规定的上限，即3%。

及时返还：在质保期结束后，如未发生质量问题，发包方应及时返还质保金。

综上所述，工程质保金的扣除比例通常为工程总造价的3%，但具体比例和操作方式应以合同约定和法律规定为准。