根据最新的税法规定，工程款的预缴税款计算方式如下：

一般纳税人：

适用 一般计税方法时，预征率为 2%。

适用 简易计税方法时，预征率为 3%。

小规模纳税人：

预征率为 3%。

具体的计算公式为：

应预缴税款 = （全部价款和价外费用 - 支付的分包款） ÷ （1 + 税率） × 预征率

请根据您的具体情况选择适用的税率和计算方法。需要注意的是，税法规定可能会有更新，因此建议在实际计算前咨询当地税务机关或专业税务顾问以获取最准确的信息