根据最新的税法规定，增值税一般纳税人支付给运输企业的运费，可以按以下方式计算抵扣进项税额：

1. 如果运输企业是一般纳税人，并且开具了增值税专用发票，那么可以按发票上注明的税额进行抵扣，通常税率为11%。

2. 对于小规模纳税人，他们开具的普通发票上注明的税额可以按照3%的征收率计算进项税额。

3. 对于购进国内旅客运输服务，如公路、水路等客票，可以按照票面金额除以（1+3%）再乘以3%的公式计算进项税额。

请注意，抵扣的具体数额取决于企业所购买的运输服务类型、发票类型以及纳税主体等因素。