深圳禁用甲醇的原因主要有以下几点：

制造过程中存在高污染：

甲醇的制造是通过一氧化碳和氢气在高温高压下合成的，这个过程中会产生较高的污染。

无法根本降低碳排放：

尽管甲醇燃烧时排放的气体非常干净，但如果大力推广甲醇燃料，实际上会导致变相统一排放，并不能从根本上减少碳排放。

甲醇有毒：

甲醇是一种有毒物质，目前国家对于甲醇的运输和监管法律还不完善，使用甲醇作为燃料存在一定的风险。

综上所述，深圳禁用甲醇主要是出于环境保护和公共安全的考虑。