公司代发工资的税率主要取决于公司的纳税人身份及选择的服务类型。以下是相关税务规定的总结：

一般纳税人

若选择差额纳税，即代发的工资和社保费用中已扣除了代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利及社会保险和住房公积金，则按照简易计税方法，适用5%的征收率计算缴纳增值税。

若不提供差额纳税服务，而是以取得的全部价款和价外费用为销售额，则按照一般计税方法计算缴纳增值税，基本税率为6%。

小规模纳税人

以取得的全部价款和价外费用，扣除代为客户单位员工发放的工资和代理缴纳的社会保险、住房公积金后的余额为销售额，适用3%的征收率计算缴纳增值税。

个人所得税

工资薪金所得的个人所得税免征额已从2000元提高到3500元，第1级税率由5%修改为3%。

应纳税额的计算公式为：应纳税额 = （工资薪金所得 - “五险一金” - 扣除数） × 适用税率 - 速算扣除数。

综上所述，公司代发工资的税率主要取决于公司的纳税人身份及选择的服务类型。一般纳税人可以选择差额纳税，适用5%的征收率；也可以选择一般计税方法，适用6%的税率。小规模纳税人适用3%的征收率。个人所得税方面，工资薪金所得适用3%至45%的超额累进税率，扣除免征额和专项附加后计算税额。

建议在实际操作中，公司应根据自身情况选择合适的纳税方式，并咨询专业的税务顾问以确保合规。