物流企业在不同情况下适用的增值税税率如下：

1. 一般纳税人：

提供运输服务时，适用税率为9%。

物流辅助服务，如货物运输代理服务、仓储服务、装卸搬运服务等，适用税率为6%。

2. 小规模纳税人：

适用税率为3%。

请注意，税率可能会根据最新的税法规定和公告进行调整。因此，建议查询最新的税务公告或咨询当地税务机关以获取最准确的税率信息