根据您提供的信息，高速发票的抵扣金额计算方式如下：

高速公路通行费可抵扣进项税额 = 高速公路通行费发票上注明的金额 ÷ （1 + 3%） × 3%

这意味着，您可以将高速公路通行费发票上注明的金额除以（1 + 3%），然后乘以3%来计算可抵扣的进项税额。

请注意，这个计算方式适用于增值税一般纳税人，并且需要使用高速公路通行费增值税电子普通发票进行抵扣。