根据提供的信息，对于小规模纳税人来说，当发票金额超过50万元时，需要缴纳附加税。附加税的计算方式通常是基于增值税的一定比例，具体如下：

城建税、教育附加税和地方教育附加税的总税率为增值税的12%。

对于小规模纳税人，附加税通常减半征收，即税率为增值税的6%。

因此，当小规模纳税人开具的发票金额超过50万元时，需要按照增值税的6%计算附加税。需要注意的是，附加税的最低限额为100元，如果计算出的附加税金额小于100元，则按100元计算。