注册会计师函证的内容主要包括以下几方面：

银行存款、借款及与金融机构往来的其他重要信息

注册会计师会对这些信息实施函证程序，以确认其真实性和准确性，除非有充分证据表明这些信息对财务报表不重要且相关重大错报风险很低。

应收账款

注册会计师应当对应收账款进行函证，以证实其余额的真实性和正确性，以及有关证明债务的存在和记录的可靠性，防止或发现销售业务中的差错或舞弊行为。

重大交易

对于余额较大、交易频繁、新增的重要客商、账龄较长、影响财务报表的重大交易的账户进行函证，以确认交易的真实性和准确性。

异常交易

对于与日常经营活动不符、可能存在舞弊或错误的异常交易，注册会计师也会通过函证来获取审计证据。

关联方交易

由于关联方交易的特殊性，容易成为舞弊或错误的高发领域，因此注册会计师会对关联方交易进行函证，以确认交易的公平性和合规性。

其他重要交易事项

根据审计准则和实际情况，注册会计师还可能对其他重要交易事项进行函证，以确保审计工作的全面性和准确性。

交易性金融资产、应收票据、其他应收款、预付账款等

注册会计师可以根据具体情况和实际需要对上述项目进行函证。

合同条款及背后协议

注册会计师可能会对合同条款及背后协议进行函证，以确认其真实性和合规性。

保证、抵押或质押

对于涉及保证、抵押或质押的项目，注册会计师可能会进行函证，以确认相关条款的真实性和有效性。

或有事项

对于或有事项，注册会计师可能会进行函证，以获取相关证据。

注册会计师在实施函证程序时，可以选择积极式函证或消极式函证。积极式函证要求被询证者确认所函证的款项是否正确，或在询证函中不列明账户余额或其他信息，而要求被询证者填写有关信息或提供进一步信息。消极式函证则只要求被询证者在不同意询证函列示消息的情况下才予以回函。

综上所述，注册会计师函证的内容涵盖了银行存款、借款、应收账款、重大交易、异常交易、关联方交易等多个方面，旨在获取充分、适当的审计证据，以支持财务报表的可靠性。