涉税企业会计咨询问题主要包括以下几个方面：

税务处理

应缴税金：如何处理现行各税种的应缴税金，包括计税、缴税、减税、免税相关的会计处理。

纳税审查：税务机关查补税款后，涉及会计账务的调整。

政府补贴：是否需要缴纳增值税和所得税，特别是针对本企业的政府补助是否计入“政府补助”科目。

发票与抵扣

私车公用：员工使用个人车辆并报销油票和高速费票是否存在涉税风险，特别是没有车辆和租车合同的情况下。

发票真实性：账面上经常出现的商品是否有对应的合同和实际销售情况，进项税额与销项税额差距大的原因。

工资与福利

工资结构：员工工资长期不变是否合理，是否存在税务风险。

个税申报：公司员工的工资是否都申报了个税，是否存在现金发放工资的情况。

存货与成本

存货金额：资产负债表中的存货金额是否合理，是否存在多结转成本、降低毛利率的情况。

存货数量：存货的实际数量与账面数量是否相符。

预收账款与其他应收款

预收账款：金额较大的对应销售合同和货物发出情况。

其他应收款：金额较大的情况，是否借给老板且未用于经营。

税务违法行为

虚开发票：公司是否存在虚开发票、公转私、骗取出口退税等违法行为。

增值税零申报：增值税零申报是否持续超过6个月，是否存在隐匿收入的问题。

财务数据真实性

数据一致性：纳税申报表数据与财务报表数据是否一致，是否存在涉税风险。

长期亏损：公司长期亏损的原因，营业收入与利润不匹配的情况。

其他问题

费用合理性：大额咨询费、推广费等费用的具体内容和合理性。

分公司核算方式：在外地新办分公司时，选择“独立核算”还是“非独立核算”。

纳税申报：分公司的增值税和职工工资薪金个人所得税是由分支机构还是总公司申报缴纳。

清算过程中的涉税事项

汇算清缴：企业需要在整个清算周期全面厘清各方面的涉税项目，核查是否存在应缴未缴等情况。

清算税务：清算过程中的流转税、所得税以及其他税费的申报和缴纳。

社保费用

代缴社保：为公司老板的朋友和亲戚代缴社保是否允许税前扣除。

这些咨询问题涵盖了税务处理的各个方面，企业在实际操作中需要根据具体情况进行合规处理，以降低税务风险。建议企业在遇到具体税务问题时，咨询专业的税务顾问或会计师，确保税务处理的准确性和合法性。