大药房超市的会计做账流程可以总结如下：

商品购进

入库：采购人员根据购货发票填制商品验收单（入库单），商品验收单需有超市负责人、商品验收人、采购人、微机录入人、主管会计签字。进货单金额应与微机录入单金额一致，出纳根据手续完备的原始单据付款并填制记账凭证。

会计分录：

借：库存商品（验收单售价合计）

贷：库存现金/银行存款/应付账款等（实际支出采购成本）

贷：商品进销差价（验收单进销差价合计）

实际支出的采购成本：包括货物的价款、除增值税以外的税费、运输费用、挑拣费、搬运费、途中损耗等入库前所发生的所有成本。

商品销售

每日核算：根据每日电脑提供的销售统计表及收银员收款统计表与收银员实际交款单核入账，确认收入。

会计分录：

借：银行存款/库存现金/其他应收账款等

贷：主营业务收入（按电脑提供的销售统计表）

处理收款差额：如出现电脑提供的收款额与收银员交款单有差额，一般情况计入“待处理财产损益”等最终责任敲定归属后再做入账。

月末计算主营业务成本

售价金额入库：超市采用售价金额入库，通过不同商品进销差价率预估主营业务成本。

会计分录：根据进销差价率计算实际成本，并调整库存商品和主营业务收入。

账务体系建立

账务政策：制定清楚的账务政策，确定收支账务要求，对账务人员进行培训。

账务体系：包括银行存款、资产负债表、利润表、现金流量表等，逐步把握账务状况，保证账务准确性。

日常账务处理

取得原始凭证：从外单位取得的凭证，如供应单位发货票、银行收款通知等。

制作会计凭证：根据原始凭证填制记账凭证，确保借贷平衡。

登记账簿：根据记账凭证登记现金日记账、银行日记账、总账、三栏明细账等。

编制会计报表：根据总账科目余额、明细账科目余额分析计算填列资产负债表、利润表等。

税务申报

网上申报：一般纳税人进行网上国税申报和地税申报。

手工申报：有些地方仍需手工申报。

报表存档：报完后把留底报表存档。

财务分析

定期核对库存：确保记录的数量与实际存量一致。

月度或季度分析：了解药店的财务状况，进行财务分析。

财务管理软件

自动化：使用财务管理软件实现财务自动化，提高财务管理效率。

通过以上步骤，大药房超市可以确保账务处理的准确性和完整性，同时提高财务管理的效率。建议定期对会计人员进行培训，确保他们熟悉最新的会计准则和税务政策，以应对不断变化的市场环境。