物流公司通过快递费赔偿的账务处理是怎样的？

赔偿不需要发票因为不是买卖关系，开收据就可以了。

因为是导致部分货物破损所以完整的分录是

借：材料采购或在途物资

应交税费应交增值税（进项税额）

贷：银行存款等入库时借：库存商品等

其他应收款物流公司

贷：材料采购或在途物资

将来收到的款项时

借：银行存款

贷：其他应收款

同时注意部分货物破损，对于这部分物货的增值是否可以抵扣与你们的主管税务机关进行沟通一下。