你们收到客户款项后（包括“客户多付了我司17622元”），分录应该是（1）：

借：银行存款 应付金额+17622

贷：应收账款—**客户—A项目 应付金额+17622

这时，“应收账款—**客户—A项目”科目余额变为贷方17622，成为你们的负债。

“现转17000元为下个项目B项目的预付款”，客户的预付款，对于你们来说就是预收账款。调账分录（2）

借：应收账款—***（客户）—B项目 17000

贷：预收账款—**客户——A项目17000

此时，应收账款贷方余额就只剩下622元了（17622-17000）。

可是出纳又写了一张收入证明单：

17000元，这个单怎么处理呢？

作为分录（2）的原始凭证。应该有这张单据，因为你们多收了人家钱，这张单据等于收条。