写在账本上。

收到的工程款中扣除了一部分罚款就应该本着收支两条线的原则记账。通常情况下，账务处理如下：总包工程在支付工程款项时，借记"工程施工"，贷记"银行存款"等；对工程质量的罚款可以作为工程施工成本的减项，借记"银行存款"，贷记"工程施工"。

收到的工程款中扣除了一部分罚款就应该本着收支两条线的原则记账，即，收到工程款就计入工程款、该支付的罚款就支付，具体记账程序是：

1、收到工程款借：银行存款贷：工程结算(如果此款已经登记工程结算，就计入应收工程款)2、支付罚款借：利润分配(因为支付罚款不能计入成本，他本身代有惩罚性质，应当由自己单位的利润分配解决，如果计入成本那就占了国家便宜，所得税份额少了)贷：银行存款。