在进行加工贸易时，生产企业需遵循特定的备案程序。首先，来料加工贸易的企业需携带如下文件到主管退税机关备案：

1. 加工贸易业务的批准证书；

2. 来料加工登记手册；

3. 进出口合同；

4. 及主管退税机关要求的其他相关文件。

在实际操作中，办理来料加工贸易免税证明的步骤如下：

1. 确认当月加工复出口的收入后，企业需在申报免税前，提交如下资料至主管退税税务机关申请免税证明：

1. 出口货物的报关单；

2. 出口商品的专用发票；

3. 可能需要的其他文档。

至于来料加工贸易的免税核销，生产企业在手册有效期内需按以下步骤进行：

1. 提供出口货物的报关单；

2. 出口收汇核销单；

3. 已经海关核销的《来料加工登记手册》或结案证明；

4. 以及可能需要的其他相关文件。若未能及时核销，主管退税机关将与海关和征税税务机关合作，对逾期部分进行补税和相应的处罚措施。