以四川省为例，根据《关于印发《四川省跨地区总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》的通知》，同一市内总分机构申报企业所得税的流程如下：

属于省内跨市县总分机构企业缴纳的企业所得税，按照统一规范、兼顾总机构和分支机构所在地利益的原则，结合省对市县财政管理体制，实行"统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库"的处理办法。

总分机构统一计算的当期应纳税额的市县分享部分中，25%由总机构所在地分享，50%由各分支机构（含总机构所在地的分支机构）所在地分享，25%缴入省级待分配收入，由省财政按一定比例在各市（州）、扩权试点县（市）间进行分配。

扩展资料：

分享范围和分享比例

按照川府发〔2014〕9号文件规定，中央与地方共享的企业所得税除中央财政按体制分享60%外，地方40%部分省与市、扩权试点县（市）按35：65的比例进行分享，省暂不参与三州和内地民族自治县（含民族待遇县）（以下简称"民族地区"）的企业所得税分享。

财政部定期调库划转至我省的"企业所得税待分配收入"，仍继续作为省级财政固定收入，全额缴入省级国库，省财政将其作为财政结算的资金来源补助各市（州）、扩权试点县（市）。

参考资料：百度百科——四川省跨地区总分机构企业所得税分配及预算的通知