增值税发票能抵扣的税种主要是增值税。

增值税发票是企业进行贸易活动时开具的一种凭证，同时也是企业进行税务抵扣的重要依据。增值税是一种流转税，在商品的生产、流通和消费环节中增值额部分征税。企业通过购买商品或服务，取得增值税发票后，可以凭票抵扣相应部分的增值税税款。这种抵扣机制有助于避免重复征税，减轻企业负担，并鼓励企业规范化运作和合理竞争。

具体来说，当企业购进货物或接受应税服务时，支付的增值税可以作为进项税额，在销售货物或提供应税服务产生的销项税额中进行抵扣。这样，企业实际缴纳的增值税额就是销项税额减去进项税额的差额。这就是增值税发票主要能抵扣的税种。

需要注意的是，增值税发票的抵扣并非所有情况都能进行，还需要满足一些条件。例如，发票必须是真实有效的，项目内容必须符合税务法规，且必须在规定的期限内进行申报和抵扣。此外，不同行业和企业类型可能还有特定的抵扣政策和规定，需要结合实际税务法规进行操作。

总的来说，增值税发票主要能抵扣的税种是增值税，这有助于企业在合法合规的前提下减轻税务负担，促进正常的经济活动和公平竞争。企业在处理增值税发票时，应严格遵守税务法规，确保发票的真实有效，并合理利用抵扣政策。