事业单位使用不合规发票报销的处理方案：一是行政事业单位财务人员要学习相关发票管理知识，按照发票管理规定和查询方法认真鉴别、审核各类发票的真实性、合规性，提高甄别真伪发票的基本技能，从源头上遏制不合规发票流入单位；二是行政事业单位要严格遵守发票管理办法的规定，规范单位发票使用，杜绝违规购买、开据不合规发票报销的现象；三是监督部门对发票管理要常抓不懈，应定期或不定期地进行检查，发现问题，严肃查处，以保障国家税收收入，维护经济秩序；同时，要倡导诚信经营，增强经营者的诚信意识和守法意识，让不合规票据无藏身之地，彻底杜绝不合规发票报账。