“财政专户存款”科目核算财政部门在银行为医疗保险基金开设的财政专户存款。按规定，由“国库内存款”科目转入“财政专户存款”科目的医疗保险基金，由财政部门根据医疗保险基金预算和收支进度及医疗保险机构的拨款申请，按期从医疗保险基金“财政专户存款”科目拨付至医疗保险基金“银行存款——支出户”科目。另外，按规定用医疗保险基金购买国家债券以及财政专户存款取得的利息收入都通过本科目反映。

医疗保险基金从国库内存款拨至财政专户存款时，借记“财政专户存款”科目，贷记“国库内存款”科目；财政部门根据医疗保险基金预算和收支进度及医疗保险机构的拨款申请，按期从医疗保险基金财政专户存款拨付到医疗保险基金支出户时，借记“银行存款——支出户”科目，贷记“财政专户存款”科目；按规定，用医疗保险基金购买国家债券，按实际支付的价款，借记“债券投资”科目，贷记“财政专户存款”。债券到期收回本息或转让时，按本息合计，借记“财政专户存款”，按本金部分，贷记“债券投资”科目，利息部分贷记“待转收入——待转利息收入”科目。