材料整改计入会计科目中的“在建工程”科目。

详细解释如下：

1. 材料整改的含义：材料整改是指对原有材料进行修正、替换或改进，以确保其满足工程需求的过程。这一过程涉及到材料的直接消耗和人工费用。

2. 会计科目的选择：“在建工程”科目主要用于核算企业正在进行中的工程项目所产生的相关支出。因为这些支出是与企业即将完成的建筑项目直接相关的，所以材料整改的费用应当计入“在建工程”科目。

3. 整改费用的具体处理：当发生材料整改时，相关的费用应当被记录在“在建工程”科目下。这样可以清晰地反映企业为了完成某一项目所发生的实际支出。

4. 符合会计准则：按照会计准则的要求，企业需要对与建设项目相关的支出进行准确核算，以便反映项目的真实成本和进度。因此，将材料整改的费用计入“在建工程”科目是符合会计准则的做法。

综上所述，材料整改的费用应当计入“在建工程”科目，这样既能准确反映企业的项目成本，也有助于进行财务管理和决策分析。