1、适用范围不同

预算会计适用于各级政府财政部门、各级行政单位和各类事业单位，适用对象具有明显的非营利性，所以又称为非营利组织会计。而企业会计适用于以营利为目的的从事生产经营活动的各类企业。

2、核算内容不同：政府与非营利组织会计核算、监督预算为基础，以预算收支为主要核算内容。企业会计则是以其经营资金运动为对象。

3、会计等式不同

预算会计的恒等式为：资产十支出=负债+净资产十收入。

企业会计的恒等式为：资产=负债十所有者权益。

4、组织目标不同

预算会计提供公共物品，具有非营利性。但是企业会计以企业为主体，以其经营资金运动为对象。与政府及非营利组织不同，企业的创立和存在，是以获取利润为其基本目的。

5、会计核算的基础不同

预算会计中，财政总预算会计和行政单位会计以收付实现制为会计核算基础。事业单位会计根据单位实际情况，分别采用收付实现制和权责发生制。企业会计均以权责发生制为会计核算基础。

参考资料：百度百科-预算会计

参考资料：百度百科-企业会计