个人所得税扣缴手续费的会计处理如下：

假设代扣代缴单位收取个人所得税扣缴手续费10%，代扣个人所得税10000元，则代扣代缴单位应该向个人收取11000元，其中10000元作为个人所得税缴纳给税务机关，1000元作为手续费。

会计分录如下：

借：个人所得税费用 1000元

贷：银行存款 1000元

对于不开增值税发票的外贸公司，可以在凭证备注中说明这笔费用的具体内容和用途，以备将来税务审查时作为证明。同时，也可以将该笔费用作为费用支出计入当期损益表中。